La mission de Natün est de promouvoir l'« ethnodevelopment » : un modèle de développement dirigé par les populations autochtones elles-mêmes, basé sur le respect de leur identité culturelle et une relation harmonieuse avec la nature. Leurs principaux objectifs sont :
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Santé et nutrition : Améliorer la santé, en particulier celle des femmes et des enfants, grâce à une prévention holistique et à l'accès à une alimentation locale et saine.
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Éducation consciente de la culture : Stimuler le développement personnel et social des enfants en intégrant le leadership, la technologie et l'identité maya dans le programme scolaire.
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Autonomie économique : Accroître l'indépendance financière des familles par des formations à l'entrepreneuriat et un soutien technique.
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Leadership autochtone : Former et soutenir les leaders locaux (en particulier les femmes) pour défendre leurs droits.