Die Mission von Natün ist die Förderung von 'Ethnodevelopment': ein Entwicklungsmodell, das von der indigenen Bevölkerung selbst geleitet wird, basierend auf Respekt für ihre kulturelle Identität und einer harmonischen Beziehung zur Natur. Ihre Hauptziele sind:
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Gesundheit und Ernährung: Die Verbesserung der Gesundheit, insbesondere von Frauen und Kindern, durch ganzheitliche Prävention und Zugang zu gesunder, lokaler Ernährung.
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Kulturbewusstes Bildung: Die persönliche und soziale Entwicklung von Kindern zu fördern, indem Führung, Technologie und die Maya-Identität in den Lehrplan integriert werden.
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Wirtschaftliche Autonomie: Die finanzielle Unabhängigkeit von Familien durch Schulungen im Unternehmertum und technische Unterstützung zu erhöhen.
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Indigenes Leadership: Lokale Führungspersönlichkeiten (insbesondere Frauen) auszubilden und zu unterstützen, um für ihre Rechte einzutreten.