De missie van BSAG is het versnellen van de ecologische redding van de Oostzee door systemische veranderingen te weeg te brengen. Hun belangrijkste doelstellingen zijn:
- Tegengaan van eutrofiëring: Het verminderen van de instroom van voedingsstoffen (zoals fosfor en stikstof) uit de landbouw en scheepvaart.
- Regeneratieve landbouw: Het transformeren van de agrarische sector door boeren op te leiden in technieken die de bodemgezondheid herstellen en CO₂ opslaan.
- Bescherming van mariene biodiversiteit: Het creëren en handhaven van beschermde onderwatergebieden om kwetsbare ecosystemen de kans te geven te herstellen.
- Duurzame scheepvaart: Het stimuleren van de maritieme sector om afvalwater en schadelijke stoffen niet langer in zee te lozen.